Post-Doc en Biologie Moléculaire de l'Arn Viral H/F - 67

Au cours de l'assemblage du VIH-1, deux copies d'ARN génomique non épissé sont sélectivement emballées dans des virions à partir d'un mélange complexe d'ARN cellulaires et viraux épissés. Cette spécificité est déterminée par des signaux d'empaquetage agissant en cis () dans la région non traduite 5' (5'UTR) de l'ARN viral, qui sont reconnus par la polyprotéine Pr55Gag. Les signaux d'empaquetage sont non seulement essentiels à la réplication virale, mais aussi à la conception de vecteurs lentiviraux, largement utilisés dans la thérapie génique, le développement de vaccins et les criblages CRISPR à l'échelle du génome. Ils constituent également une cible thérapeutique prometteuse, car le fait d'interférer avec l'empaquetage du génome pourrait inhiber la propagation virale tout en réduisant le risque de résistance.

Ce projet axé sur l'ARN visait à élucider les réarrangements structurels au sein de la région 5'UTR du VIH-1 qui régulent les étapes clés du cycle de vie viral, notamment la liaison Pr55Gag, l'empaquetage du génome et la transcription inverse. Forts de l'expertise acquise par le laboratoire, nous allons mener une analyse structurelle in vitro de l'ARN de la région 5'UTR du VIH-1 dans des transcrits non épissés et épissés, en présence ou en l'absence de cofacteurs ARN. Ces résultats seront validés dans des modèles cellulaires et viraux, et une étude de validation de principe évaluera le potentiel du ciblage des structures ARN de la région 5UTR pour une intervention thérapeutique. Le projet sera principalement mené dans le laboratoire Smyth, avec des tests biophysiques sélectionnés soutenus par des collaborations internes de haute qualité.
Activités
- Préparation et validation de clones moléculaires et génération de banques de gènes par mutagenèse aléatoire. Les clones moléculaires et les banques seront utilisés à la fois pour la transcription in vitro et la transfection dans des lignées cellulaires humaines.
- Préparation de banques de séquençage pour le séquençage Illumina et Nanopore. Le candidat (H/F) retenu convertira l'ARN en molécules compatibles avec le séquençage à haut débit en ajoutant des codes-barres et des adaptateurs de séquençage, puis purifiera les banques obtenues afin d'obtenir une qualité compatible avec différentes technologies de séquençage.
- Analyse bioinformatique du contenu séquentiel des banques d'ADN enrichies. En collaboration avec des bioinformaticiens, Le candidat (H/F) sera chargé d'analyser les données de séquençage à l'aide de pipelines bioinformatiques existants.
- Biologie moléculaire in vitro. Le candidat (H/F) effectuera une analyse structurelle de l'ARN du génome du VIH-1 à l'aide de sondes chimiques et d'expériences biophysiques en présence de cofacteurs, tels que les ASO et les tRNAlys3.
- Virologie. Le candidat (H/F) mènera des expériences de virologie sur le VIH-1 à l'aide de virus VIH-1 défectueux en réplication, en utilisant des tests standardisés, tels que la RT-qPCR de l'ADNc du VIH.
Compétences
- Le candidat (H/F) doit être titulaire d'un doctorat récent en biologie moléculaire, biochimie ou virologie moléculaire.
- Excellence scientifique démontrée, étayée par des publications importantes (prépublications acceptées) dans le domaine.
- Expertise reconnue dans la synthèse et la manipulation de molécules d'ARN et connaissance des vecteurs lentiviraux, de la virologie ou, idéalement, de la biologie du VIH-1.
- Capacité à analyser de manière indépendante des données de séquençage à haut débit à l'aide de la bio-informatique. Bien qu'il/elle sera assisté(e) par des bio-informaticiens, Le candidat (H/F) doit posséder des compétences en analyse de données de séquençage, idéalement à l'aide de Python, mais d'autres formations dans d'autres langages de programmation appropriés sont acceptables.
Contexte de travail


Le laboratoire du Dr Redmond Smyth, situé au sein de l'Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), étudie les mécanismes de réplication et d'assemblage des virus en utilisant des techniques avancées de biologie de l'ARN. L'équipe du Dr Smyth se concentre sur la caractérisation des structures et des fonctions des ARN viraux, avec des applications potentielles pour le développement de nouvelles approches thérapeutiques antivirales. L'IBMC est une unité de recherche renommée sous la tutelle du Centre national de la recherche scientifique (CNRS), situé à Strasbourg. L'IBMC se distingue par son environnement scientifique de pointe, dédié à la compréhension des mécanismes fondamentaux de la biologie moléculaire et cellulaire. Ses recherches couvrent différents domaines, allant de la biologie structurale et des interactions moléculaires à la génétique, l'immunologie et la virologie, contribuant ainsi à des avancées cruciales en biologie et en médecine.

Le laboratoire bénéficie d'un large réseau de collaborations nationales et internationales et d'un accès à des plateformes technologiques de pointe, notamment la microscopie avancée, le séquençage à haut débit et la spectrométrie de masse. Avec des équipes de recherche multidisciplinaires et un cadre dynamique, l'IBMC offre un environnement stimulant et propice à l'innovation scientifique. L'IBMC est également affilié à l'Université de Strasbourg, ce qui lui donne un accès direct à une communauté académique active et à d'excellents programmes doctoraux. Le/la candidat(e) sera inscrit à l'école doctorale de l'université.
Contraintes et risquesLe ou la candidat(e) devra avoir une expérience en travaux sur l'ARN et en culture de cellules eucaryotes. Une grande précision et de bonnes compétences organisationnelles seront nécessaires pour la préparation de bibliothèques et la manipulation de la technologie Nanopore. Il/elle devra travailler avec le virus du VIH-1 infectieux en LSB3 et manipuler des Substances CMR (Cancérigènes, Mutagènes et Reprotoxiques) sous hotte chimique. Un équipement de protection individuelle approprié et une formation à la sécurité biologique seront fournis.